重大工程建设中多主体协作促成创新已成常态，但涉及其中交互关系的研究并不深入.基于创新生态系统视角，选取港珠澳大桥工程开展案例研究，以深化对重大工程不同类别创新主体间主要关系的理解.研究将重大工程创新生态系统种间关系定位为“共生”,发现其在创新主体交互过程中呈现出四项典型特征：关系结构的局部对称，交互内容的动态多样，利益影响的双向共存，活动界限的全面弱化.进而提出了“愿景共启-责任共担-情景共融”的针对性治理策略，以促进创新生态系统的良性运转和参与主体的协同发展.研究结果揭示了重大工程创新活动过程中主体交互关系方面的关键逻辑细节，为优化重大工程创新管理实践提供了关系视角的理论参考.