创新生态系统内主体基于知识的博弈不仅关乎个体的生存和发展，也影响创新生态系统的演进.文章从群体演化博弈视角，研究了差异性环境下创新生态系统主体创新保护策略及跟随策略选择问题.先后构建非对称演化博弈模型和多智能体仿真模型，分析了制度、生态、技术等因素对创新生态系统演化均衡稳定性及演化稳定策略的影响.研究发现：专利运营及维权成本、救济力度、政府补贴、技术替代与模仿相对难度是影响系统演化均衡的关键因素；基于上述因素形成的不同情境，系统涌现四种均衡状态：(专利，模仿)、(专利，替代)、(技术秘密，模仿)、主体策略规律性持续波动；仿真模型呈现随机波动，在趋势上符合演化稳定分析结果；合作网络密集度高、学习搜索范围广时，由于主体交互性增强，决策不确定性下降、有效性提高，各群体长期演化趋向于平均收益期望大的策略.信息模糊度高时，决策不确定性及系统波动幅度增加，群体间策略交互制约作用减弱，系统长期演化偏离演化稳定分析结果.