本文研究了环境效率评价中广泛存在的一类典型问题: 两阶段非合作博弈的效率评价问题，该问题有两个明显的特点: ( 1) 决策单元由经济生产子系统和污染物处理子系统两个阶段的子系统构成，( 2) 经济生产子系统产生的污染物由污染物处理子系统进行处理，且经济生产子系统居于主导地位，而污染物处理子系统居于从属地位． 文章在分析各个决策单元整体效率与其子系统效率之间关系的基础上，提出一种能够同时评价决策单元整体效率和其子系统效率的 DEA 方法; 然后引入非合作博弈思想，提出了基于两阶段非合作博弈的环境效率评价的 DEA 方法; 最后采用中国各地区的工业系统的环境效率评价的实例分析说明了该方法的合理性和有效性． 由于文章提出的方法能够有效地分析决策单元内部子系统的有效性水平，能够反映子系统之间的主从关系，能够发掘影响决策单元效率的关键因素，因而能够给出更为有效的环境管理信息，为决策者的决策提供科学的依据．